Bioclipse edita y diseña estructuras biológicas para la investigación en general aunque se ha desarrollado especialmente para el estudio de cadenas de proteínas, moléculas, etc. Para estas existe una extensa librería que permite modificar las estructuras e interactuar con ellas en dos y tres dimensiones.
También se puede encontrar una larga lista de composiciones químicas predibujadsos más sencillas. Por si no fueran suficientes, Bioclipse se conecta por Internet a varias bases de datos para actualizar y descargarse nuevos modelos.
La interfaz se compone de varios apartados como el editor gráfico, tablas de fórmulas, etc. Aunque en un principio podamos vernos rodeados de una gran cantidad de información, una vez ordenado todo a nuestro gusto, el sistema resulta muy eficaz ya que podemos tener una gran cantidad de herramientas del editor abiertas y a la vista.
